ลูกจุดโทษของฟุตซอลแบ่งการยิงออกเป็น 2 จุด จุดแรกเรียกว่า จุดโทษจุดที่ 1 ซึ่งจะอยู่ห่างจากเส้นประตู 6 เมตร และจุดโทษจุดที่ 2 จะอยู่ห่างจากเส้นประตู 10 เมตร
การเตะจุดโทษทุกครั้ง ผู้ที่ยิงจะต้องแสดงตนอย่างชัดเจน โดยการยิงจากจุดที่ 1 ผู้รักษาประตูไม่สามารถขยับตัวออกจากเส้นประตูได้ แต่การยิงจากจุดที่ 2 ผู้รักษาประตูสามารถขยับออกมาจากเส้น โดยต้องห่างจากลูกบอล 5 เมตรเป็นอย่างน้อย
จุดโทษจุดที่ 1 จะใช้ยิงต่อเมื่อมีการทำฟาล์วในเขตโทษ ส่วนจุดโทษจุดที่ 2 จะใช้ยิงเมื่อฟาล์วทีมรวมเกิน 5 ครั้ง โดยในการยิงจุดที่ 2 หากมีการฟาล์ว ณ จุดใดจุดหนึ่งในรัศมี 10 เมตร จากเส้นประตู ทีมได้สามารถเลือกที่จะยิงจากจุดเกิดเหตุ หรือจุดโทษจุดที่ 2 ก็ได้ แต่หากฟาล์ว ณ จุดอื่นๆ ต้องยิงจุดโทษจากจุดที่ 2 เท่านั้น
สำหรับการนับประตูจะนับต่อเมื่อลูกบอลผ่านเข้าเส้นประตูไปแล้วทั้งใบ หากส่วนใดส่วนหนึ่งของลูกบอลยังไม่พ้นเส้นประตูจะถือว่าการยิงจุดโทษนั้นไม่ได้ประตู.
