全然you are making noisesで構わないですよ。それも正解です。ネイティブもよく言いますし。
ただその問題集の答えには描いていなかったのかもしれません
むしろこっちの方が正解かも笑
ただ文法的にはどちらでもOK
You are making noises while you eat noodles
何というか、言われた人は音出してるの気付いていないんじゃないかな。と思ったり
You make noises while you are eating noodles
これだと音出してること知ってるのかな。という雰囲気です。
どちらも理解しうる文です
さらに、もし模範解答のような場所に進行形をつけるならwhileよりwhenのほうがしっくりきます。