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A star was not to be seen. は文法的に間違いではありません。但し、「星が見えなかった。」という、平凡な文になります。
Not a star was to be seen. は「星が一つも見えなかった。」となり、真っ暗闇の様子が容易に想像できる内容の文になります。
（もしかすると、月齢1.9の月が出ていたかも知れませんが・・・）
どちらを選ぶかは、あなた次第です。
参考にしてください。
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