否定するとそれより前はそうだったと示すわけではありません。
それより前にjoinしていたと判断できる理由は、時制にズレがあるからです。
この文の主節はThey complainedと過去形です。
しかし、それに続くthat節はthey had not joinedと過去完了形になっています。
今回のように、主張した日より前に参加している場合、従属節の時制を主節の時制より1つ前にするという決まりがあります。
そのためそれより前に参加したと判断できます。
ミスや不明な点がありましたら気軽に教えて下さい^o^