この文の骨組みは
A man helped me.
ある男が私を助けて(手伝って)くれた。
つまり第3文型です。
どんな男かというと
I thought he was unkind.
私は彼が不親切だと思った。
そんな男。これを1文にするために
I thought he was unkind.
↑代名詞を
↓関係代名詞にして
who I thought was unkind
↓これにくっつけると
A man who I thought was unkind
私が不親切だと思った男
という長い主語のできあがり
というわけです。